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仓库自带 toy 数据，可用于确认 CLI 和输出格式。

构建索引

cargo run --release -- index data/toy.fa -o toy

输出：

toy.fm

比对 reads

cargo run --release -- align -i toy.fm data/toy_reads.fq -o toy.sam

或一步执行：

cargo run --release -- mem data/toy.fa data/toy_reads.fq -t 4 -o toy.sam

查看 SAM

grep -v '^@' toy.sam

输出记录包含标准 SAM 字段，以及 AS:i、XS:i、NM:i、可用时的 MD:Z 和 SA:Z 标签。

清理临时文件

rm -f toy.fm toy.sam

调参示例

bwa-rust align -i toy.fm data/toy_reads.fq \
  --min-seed-len 15 \
  --max-occ 200 \
  --band-width 32 \
  --z-drop 80 \
  -o tuned.sam

所有默认值以 AlignOpt::default() 为准；mem 与 align 的普通默认值一致。