MICOS-2024
专业宏基因组分析平台
端到端分析从原始测序数据到生物学洞察
核心能力
| 模块 | 描述 | 工具 |
|---|---|---|
| 质量控制 | 宿主 DNA 去除与质量过滤 | KneadData, FastQC |
| 物种分类 | 快速物种分类 | Kraken2, Bracken |
| 多样性分析 | Alpha/Beta 多样性指标 | QIIME2 |
| 功能注释 | 基因家族和通路分析 | HUMAnN 3.x |
| 差异分析 | 物种/功能的统计比较 | DESeq2, ALDEx2 |
| 网络分析 | 微生物共现网络 | NetworkX, igraph |
主要特性
- 容器化 — 支持 Docker 和 Singularity，确保可重现性
- 高性能 — 多线程支持，针对大数据集优化
- 丰富可视化 — 交互式 HTML 报告、Krona 图表
- 模块化设计 — 可运行完整流程或单独步骤
- WDL 工作流 — 兼容 Cromwell，支持云端/HPC 部署
快速开始
# 1. 克隆仓库
git clone https://github.com/LessUp/micos-2024.git
cd micos-2024
# 2. Docker 安装（推荐）
docker compose -f deploy/docker-compose.example.yml up -d
# 3. 运行分析
python -m micos.cli full-run \
--input-dir data/raw_input \
--results-dir results \
--threads 16详见 安装指南。