故障排除 (Troubleshooting)
本页面列出了 MICOS-2024 常见问题及其解决方案。
安装问题
Q: 安装依赖时出现版本冲突
A: 建议使用 conda 创建独立环境：
conda create -n micos python=3.10
conda activate micos
pip install -e .Q: Kraken2 数据库下载失败
A: Kraken2 标准数据库较大（~8GB），可以尝试：
- 使用 MiniKraken 数据库（较小）：
wget https://genome-idx.s3.amazonaws.com/kraken/minikraken2_v2_8GB.tar.gz- 或使用国内镜像源下载
运行问题
Q: 运行时提示 “command not found”
A: 确保所有依赖工具已安装并添加到 PATH：
- FastQC
- KneadData
- Kraken2
- HUMAnN
- QIIME2
可以使用 micos --help 检查环境是否正确配置。
Q: 内存不足错误
A: 可以通过以下方式减少内存使用：
- 减少并行线程数：
--threads 4 - 使用较小的数据库（MiniKraken）
- 分批处理样本
Q: KneadData 运行时间过长
A: KneadData 需要比对宿主基因组，建议：
- 使用 SSD 存储数据库
- 增加线程数
- 确保数据库路径正确
数据问题
Q: 输入文件格式要求
A: MICOS-2024 支持：
- FASTQ 格式（.fastq, .fq, .fastq.gz, .fq.gz）
- 配对端测序数据命名格式：
{sample}_1.fastq和{sample}_2.fastq
Q: 样本命名规范
A: 样本名应遵循以下规则：
- 只使用字母、数字和下划线
- 避免特殊字符和空格
- 以字母开头
输出问题
Q: 结果文件在哪里？
A: 默认输出结构：
results/
├── quality_control/
├── taxonomic_profiling/
├── functional_annotation/
├── diversity_analysis/
└── micos_summary_report.htmlQ: 报告生成失败
A: 确保前面的步骤都成功完成，检查：
- 各模块输出目录是否存在
- 日志文件中是否有错误信息
其他问题
如果以上内容未能解决您的问题，请：
- 查看 GitHub Issues
- 提交新的 Issue，包含：
- 错误信息
- 运行命令
- 系统环境信息