参考文献

MICOS-2024 的可信度，一部分来自它建立在成熟宏基因组和微生物组工具之上。本页把这条谱系显式写出来。

如何引用 MICOS-2024

项目自身的引用方式请参考仓库中的 CITATION.md。如果你使用了某一分析分支，也应同时引用相应工具论文。

1. Wood DE, Lu J, Langmead B

   Improved metagenomic analysis with Kraken 2

   Genome Biology · 2019

   当前仓库分类分支的重要方法学基线。

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2. Bolyen E, Rideout JR, Dillon MR, et al.

   Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2

   Nature Biotechnology · 2019

   多样性分析和微生物组解释的重要支柱。

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3. McIver LJ, Abu-Ali G, Franzosa EA, et al.

   bioBakery: a meta'omic analysis environment

   Bioinformatics · 2018

   KneadData 及更广微生物组处理惯例的重要背景。

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4. Franzosa EA, McIver LJ, Rahnavard G, et al.

   Species-level functional profiling of metagenomes and metatranscriptomes

   Nature Methods · 2018

   HUMAnN 功能分析谱系中的关键参考。

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5. McMurdie PJ, Holmes S

   phyloseq: an R package for reproducible interactive analysis and graphics of microbiome census data

   PLoS ONE · 2013

   R 侧微生物组解释与图形分析的重要基础。

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为什么这里要单列一页

对于开源平台来说，引用卫生本身就是架构诚实的一部分。它说明哪些东西是在这里发明的，哪些东西是被认真整合进来的。