系统总览
MICOS-2024 的架构有意思的地方，在于它不是单一实现风格的仓库。它同时包含稳定 Python CLI、Shell 包装层、WDL 工作流资产、容器定义，以及一批扩展型分析脚本。
架构命题
这个项目更像是一个围绕宏基因组工具栈搭建的平台外壳，而不是一个只有单一执行引擎的单体系统。
分层地图
| 层级 | 关键路径 | 职责 | 稳定性信号 |
|---|---|---|---|
| 入口命令 | micos/cli.py, pyproject.toml | 面向用户和自动化的命令面 | 最高 |
| Python 编排 | micos/*.py | 串联质控、分类、多样性、功能注释、汇总 | 高 |
| Shell 包装层 | scripts/run_full_analysis.sh, scripts/run_module.sh | 向后兼容的便捷入口 | 中 |
| 工作流资产 | steps/**/*.wdl | 步骤级可移植工作流定义 | 中 |
| 环境资产 | deploy/, containers/singularity/ | 可重现运行环境 | 中 |
| 专家脚本 | scripts/*.py, scripts/*.R | 主 CLI 之外的扩展分析 | 可变 |
边界感为什么重要
文档在这里刻意区分三件事：
- 稳定接口，现在可以依赖什么；
- 集成资产，项目如何进入更大执行环境；
- 探索扩展面，哪些内容说明了平台 ambition，但不应被误读为同等级承诺。
架构图
对贡献者意味着什么
如果你修改 CLI，你在改最显眼的用户契约。
如果你修改 Shell 包装层，你应该把它当成“委托层”，而不是第二套流程实现。
如果你修改工作流或容器资产，你主要影响的是可重现性姿态，而不是命令语义本身。