运行时拓扑
运行时拓扑回答的是一个实践问题：MICOS-2024 究竟在哪些层上运行，谁把工作交给谁？
执行面
稳定 CLI 路径
最干净的运行路径是：
bash
micos full-run --input-dir data/raw_input --results-dir results这是当前最值得推荐的主入口。
Shell 包装路径
仓库中有两个包装脚本：
scripts/run_full_analysis.shscripts/run_module.sh
它们现在更接近“兼容入口”，而不是独立流程引擎。这是健康的演进方向。
工作流资产路径
steps/ 中的 WDL 文件表达了步骤级工作流关系。它们不是 CLI 的别名，而是另一层集成能力。
容器路径
deploy/docker-compose.example.yml 与 containers/singularity/*.def 描述的是环境策略。对于生信平台来说，这一层非常关键，因为很多失败发生在环境边界，而不是算法边界。
按职责划分
| 关注点 | 主负责层 | 辅助层 |
|---|---|---|
| 命令体验 | micos/cli.py | shell wrappers |
| 流程编排 | micos/full_run.py | 其他 micos/ 模块 |
| 可重现环境 | deploy/, containers/ | workflow assets |
| 配置模板 | config/*.template | CLI 配置加载 |
| 扩展分析 | scripts/ | 结果目录 |
典型故障模式
配置不一致
最常见的问题通常不是算法本身，而是：
- 分析模板，
- 数据库模板，
- 命令行参数
三者之间没有对齐。
包装层漂移
如果 Shell 包装层逐渐长成第二套逻辑，维护成本会急速上升。当前仓库正在把包装层收缩成委托层，这是好事。
环境漂移
当容器、工作流和直接 CLI 描述的是不同现实，项目的可重现性就会被削弱。文档要把这些层分开说明，不能混写。