主运行面
CLI 优先编排
稳定入口集中在 Click CLI，Shell 脚本保留为兼容包装层，而不是第二套事实标准。
Skip to content使用 Vue SVG 组件实现零延迟主题切换，单一源维护。 项目的真实执行面分布在 CLI、Python 编排、工作流定义与扩展脚本之间。
开源宏基因组技术白皮书
MICOS-2024
这不是传统意义上的命令说明书，而是一份面向严苛读者的项目导读：解释仓库如何把原始测序输入转化为可重现、可审查、可讨论的微生物组分析结果。
站点被重构为评审导向的技术白皮书，用来回答两个关键问题：项目究竟做了什么，以及它为什么值得被认真看待。
- Python 包 + Click CLI
- WDL 工作流资产
- 容器化执行能力
- 中英双语技术白皮书
本站强调什么
仓库真实能力、运行边界、架构意图，以及其背后的科研工具谱系。
本站刻意呈现什么
稳定 CLI 主链路、扩展型工作流资产，以及“目标蓝图”与“当前实现面”之间的差异。
推荐阅读路径
先读学院，再看架构，随后按你的角色进入指南或研究部分，最后再回到具体模块页。
工作流姿态
WDL + 容器
仓库同时持有步骤级 WDL、Singularity 定义和 Docker Compose 示例，强调可重现环境。
阅读目标
面试官级可解释性
本页不是功能海报，而是让评审快速判断项目边界、工程组织和科研依据的入口。
流程叙事
当执行链路被看见，项目才更值得信任。
MICOS-2024 最适合被理解为一个四段式证据流程：输入清洁、分类学证据、多样性解释，以及面向报告的最终产物。
阅读信号
我们把流程写成“证据变换链”，而不是单纯罗列工具名字。
我们把流程写成“证据变换链”，而不是单纯罗列工具名字。
工程信号
仓库同时存在稳定 CLI 入口与更宽泛的工作流资产，文档会明确区分，而不是混成一层。
仓库同时存在稳定 CLI 入口与更宽泛的工作流资产，文档会明确区分，而不是混成一层。
运行信号
多个高级分析仍位于
多个高级分析仍位于
scripts/ 中，属于专家扩展面，而非与主 CLI 相同稳定级别的接口承诺。 系统剖面
不是只有页面，更要能映射回仓库层次。
一个成熟的文档站应该让读者顺着页面直接定位到代码：入口命令、Python 模块、工作流定义、配置模板、容器资产以及验证面。
稳定核心
micos/cli.py 提供 full-run、validate-config 以及质量控制、分类、多样性、功能注释、结果汇总等命令。
工作流资产
steps/、deploy/ 与 containers/ 把项目扩展到可重现执行环境和步骤级编排模式。
研究姿态
MICOS-2024 的价值不在于重新发明底层算法，而在于把已有微生物组工具整合为一套更完整的分析体验，这一点在研究章节中被正面呈现。
执行链速记
一张图理解仓库的抽象分层
项目跨越多个抽象层级，文档必须帮助读者判断每个职责究竟落在哪一层。
研究基底
项目的可信度，部分来自它继承了什么。
MICOS-2024 不是无中生有，它站在成熟微生物组工具之上进行系统整合。把这种谱系写清楚，本身就是专业度的一部分。
Improved metagenomic analysis with Kraken 2
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Open source / paper linkphyloseq: an R package for reproducible interactive analysis and graphics of microbiome census data
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