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SvABA

基于局部组装的结构变异和体细胞突变检测工具,能够同时识别生殖系和体细胞的结构变异事件。 该方法通过断点图和单倍型组装精确定位变异断点,适用于癌症基因组学中的复杂变异检测。

属性
用途基于局部组装的结构变异和体细胞突变检测
时间复杂度O(n * c)
空间复杂度O(c)
年份2016
分类变异检测

复杂度分析

  • 时间复杂度O(n * c)
  • 空间复杂度O(c)

性能洞见:该算法时间复杂度属于多项式量级。

注:复杂度基于理论模型。实际性能受数据规模、硬件环境与实现优化影响,建议针对具体场景进行基准测试。

文献与实现

相关工具

Manta · GRIDSS · Delly

标签

structural-variant somatic assembly-based

Released under the MIT License.