数据产物与解释

MICOS-2024 输出的不只是文件夹，而是一组不同成熟度、不同解释力度的分析证据。理解这些产物，才能真正理解平台。

输出类型

产物类型	典型位置	它代表什么	应该怎样看
清洗读段	results/quality_control/	经过过滤后的输入数据	后续所有分析的可信边界
分类报告	results/taxonomic_profiling/	每个样本的分类学证据摘要	适合组成浏览与丰度排序
BIOM 表	results/taxonomic_profiling/feature-table.biom	结构化丰度矩阵	多样性分析的输入基础
多样性产物	results/diversity_analysis/	生态学比较视图	用于群落差异和组间解释
功能表	results/functional_annotation/	通路或功能特征读出	适合做功能假设生成
汇总报告	最终 HTML 结果	面向审阅者的综合输出	非开发读者最容易进入的入口

如何阅读 results 目录

results/
├── quality_control/
├── taxonomic_profiling/
├── diversity_analysis/
├── functional_annotation/
└── micos_summary_report.html

这个结构重要，因为它本身就是流程依赖图。越靠后的目录，越依赖上游结果的质量。

哪些算强证据

当前最强信号

• micos/cli.py 中明确定义的命令，
• CLI 参考页能对应到的目录契约，
• tests/test_shell_wrappers.py 中的包装层回归测试，
• 与这些运行面相匹配的配置模板。

较弱但仍重要的信号

• scripts/ 下的扩展分析，
• 比稳定 CLI 范围更广的模板配置，
• 容器与 WDL 资产所描述的目标执行生态。

需要谨慎的地方

宏基因组项目里最常见的三类误判是：

1. 把分类结果当成无污染、无偏差的结论，
2. 把多样性图当成无需上下文解释的证据，
3. 把仓库里的每个脚本都当成同等稳定的公共接口。

MICOS-2024 越能明确这些边界，就越显得专业。