项目结构
这一页不是按目录名字解释目录，而是按“职责”解释仓库。
顶层地图
| 路径 | 职责 |
|---|---|
micos/ | 稳定 Python 包与 CLI 编排核心 |
config/ | 配置模板与样本元数据 |
steps/ | 步骤级 WDL 工作流资产 |
scripts/ | 包装层和主 CLI 之外的专家分析脚本 |
deploy/ | Docker Compose 示例 |
containers/ | Singularity 定义与环境资产 |
tests/ | Python 工具函数与包装层回归测试 |
docs/ | 双语白皮书式文档站 |
稳定核心
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micos/
├── cli.py
├── full_run.py
├── quality_control.py
├── taxonomic_profiling.py
├── diversity_analysis.py
├── functional_annotation.py
└── summarize_results.py这是最需要保持内聚的一棵子树，因为它承担了当前最清晰的公共契约。
更广的平台表面
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scripts/
├── run_full_analysis.sh
├── run_module.sh
├── download_databases.sh
├── verify_installation.sh
├── network_analysis.py
├── phylogenetic_analysis.py
├── amplicon_analysis.py
└── metatranscriptome_analysis.py这棵子树里既有兼容层，也有专家扩展分析。它很重要，但不应被误读为与主 CLI 同等级稳定。
文档如何映射仓库
- 学院，解释分析模型，
- 架构，解释代码和资产分层，
- 指南，解释如何运行，
- 参考，解释精确接口，
- 研究，解释知识来源与演进方向。