部署模式

MICOS-2024 可以用多种方式部署，但这些方式并不等价。不同模式服务于不同目标。

模式 1，直接 Python 执行

适合：

• 本地开发，
• 调试，
• 已经有可控 Python 环境的场景。

优点：

• 反馈最快，
• 最容易对照 CLI 行为，
• 与 micos/cli.py 对齐最直接。

模式 2，Shell 包装层执行

适合：

• 保持旧有 shell-first 工作流，
• 渐进迁移到主 CLI。

关键点：

包装脚本现在更像委托层，而不是独立流程实现层。

模式 3，工作流驱动执行

适合：

• 更大的执行生态，
• 需要 workflow engine 集成的环境，
• 希望显式表达步骤图的场景。

相关资产：

• steps/01_quality_control/fastqc.wdl
• steps/02_read_cleaning/kneaddata.wdl
• steps/03_taxonomic_profiling_kraken/kraken2.wdl
• steps/04_taxonomic_conversion_biom/kraken-biom.wdl
• steps/05_taxonomic_visualization_krona/krona.wdl
• steps/06_qiime2_analysis/*.wdl

模式 4，容器化执行

适合：

• 固定依赖栈，
• 团队交付，
• 防止环境漂移。

相关资产：

• deploy/docker-compose.example.yml
• containers/singularity/*.def

实践建议

对于多数贡献者来说：

1. 先用稳定 CLI 路径，
2. 再用工作流资产做系统集成，
3. 再用容器锁定环境，
4. 包装脚本只在需要兼容旧流程时使用。